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紫草紅色素在雙氧水中不是很穩定，易被雙氧水氧化。另外在抗壞血酸條件下，能使紫草紅色素被分解，并且隨著抗壞血酸濃度的增加分解速度加快。pH值和溫度對色素的穩定性影響也較大，隨著溫度的升高色素溶液顏色增加。在 80℃，pH為9時，溶液呈黑紫色，但是在20～60℃范圍內吸光度值大小變化較少，說明色素在20～60℃對熱的穩定性較好，可以在室溫環境下放置。離子實驗表明，加Fe3+使溶液顏色變深，對色素影響較大，而K+、Mg2+、Zn2+、Na+、Mn2+、Ba2+等離子對紫草色素影響不明顯。總體來看，大多數離子對紫草紅色素的穩定性影響較小。

先將紫草根用清水快速洗凈，控干水分，然后用正己烷按 1：4～5（料：液）比例浸泡紫草根，在恒溫40℃下動態浸提2 h，按此重復浸提3遍，合并3次浸提液，用250目尼龍紗過濾，濾液用旋轉蒸發儀進行減壓濃縮（恒溫50～60℃、真空度80～93 kPa）回收正己烷。