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儲存

維生素B6在血流中可擴散到肌肉中而磷酸化，若PN劑量增加，肌肉中PN占劑量的百分數增加，而PNP的百分數減少。在肌肉中未發現PNP氧化到PLP。在大鼠60%維生素B6在肌肉中，其中75%～95%與糖原磷酸化酶（Glycogenphosphorylase）相聯系。此酶占肌肉可溶性蛋白之5%，可能為維生素B6的儲存場所。通過肌肉蛋白的轉換，將維生素B6分解出來以滿足最低需要量。

排出

維生素B6的主要代謝產物PA，可代表維生素B6攝取入量的20%～40%，尿中PA只可為攝入量的指標。而不能代表體內的儲存。尿中除PA外，尚有小量的PN、PL等。給以生理劑量時，在3h內大部分以PA排出。PN在腎小管中積累，當PN濃度較大時，可由腎排出。因此PN劑量10mg時，尿中PA占劑量的百分數減低，但PN的排出增多。PL不易被腎排除，也不易被腎納入，納入后以磷酸化形式積累。但人口服大劑量（100mg）PL、PM、PN后，在36h內大部分原物從尿中排出。