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自20世紀80年代以來，人們逐漸了解了果寡糖的優良生理特性。1982年，日本明治糖果株式會社首先進行工業化生產果寡糖。1983年，Hidaka采用一般的食品組分生產工藝分離和研制了果寡糖。1988年，Hirayama等研究了黑曲霉中屁-呋喃果糖苷酶的性質，分離、提純了該酶，并采用聚焦色譜法測定了該酶的純度和等電點。1990年，Fujita得到了β-呋喃果糖苷糖的三個同工酶。

經過美國食品工藝師協會，應用現代科學研究反復測試得出結論，現代酶法工藝酶化蔗糖生產的低聚果糖的分子結構和保健功能，與天然存在于果蔬植物中的低聚果糖完全相同，是全天然的雙歧因子。云南天元低聚果糖在1998年分別經中科院上海藥物所和北京醫科大學藥學院進行分離后，進行了氫1和碳13核磁振的測定，根據測試所獲譜峰結果證明，其分子結構與日本文獻報道的GF2、GF3、GF4相同。