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 蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。食品工業(醬油釀造、制乳酪、制面包、點心、通心粉、肉類加工、釀酒、制蛋白水解物、脫腥、氨基酸調料、凝乳、嫩Chemicalbook肉粉等);日用化學工業(洗滌劑添加劑、牙膏、化妝品等)；皮革工業(脫毛、軟皮)；制明膠；制膠原纖維；制藥；處理廢感光膠片；飼料工業、石油工業(脫蠟)等。

蛋白酶對其水解的肽鍵鄰近的基團有一定的專一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分別要求其作用的肽鍵鄰近有游離的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽鍵的羧基端為芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶則要求為堿性氨基酸(賴氨酸或精氨酸等)。酸性蛋白酶是指蛋白酶具有較低的最適pH，而不是指酸性基團存在于酶的活性部位，酸性蛋白酶的最適PH從2左右(胃蛋白酶)到4左右。從酶的活力-PH曲線分析，在酶的活性部位中含有一個或更多的羧基。這一類蛋白酶中研究最的是胃蛋白酶。