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 分離純化環節圍繞分離除去IMO-50型低聚異麥芽糖中的葡萄糖、麥芽糖和其他非IMO的低聚糖，提高IMO純度，常用的方法有三種：酵母發酵消耗、色譜分離純化、膜過濾濃縮。a.酵母對不同碳源的利用能力和消耗速度不同，低聚異麥芽糖一般不能被酵母所利用，而葡萄糖和麥芽糖卻是酵母的良好碳源.b.色譜分離技術是一種相對成熟、適用于工業化生產的技術，它利用待分離物質在分離介質中遷移速度的不同來實現不同組分的分離，目前廣泛應用在食品、醫藥、水處理Chemicalbook等領域：如制備色譜已廣泛應用于醫藥領域中手性藥物的分離，大型連續化離交設備用于水處理，大型的模擬移動床制備色譜用于果糖和葡萄糖的分離。同樣，該技術也可用于功能糖的分離。c.膜技術是用天然或人工合成的有機膜或無機膜，以外界能量或化學位差為推動力，對多組分溶液進行分離、分級、提純或富集的方法。包括反滲透、超濾、微濾、納濾、電滲析、膜電解、擴散滲析、透析等，在功能糖的分離純化過程中應用廣泛，如麥芽糖醇、赤蘚糖醇、低聚異麥芽糖的分離純化。