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 酶制劑。主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白質，避免冷藏后引起的渾濁)、肉類軟化(水解肌肉蛋白和膠原蛋白，使肉類嫩化)、谷類預煮的準備、水解蛋白質的生產。在啤酒抗寒和肉類軟化方面的應用，遠比其他蛋白酶類廣泛。用量一般為1～4mg/kg。用途木瓜蛋白酶廣泛用于肉類嫩化，也可作為啤酒的澄清劑使用。我國規定可用于餅干、肉禽制品水解和動、植物蛋白，按生產需要適量使用。用途用于醫藥、食品工業及化妝品添加Chemicalbook劑用途生化研究用途酶制劑，木瓜蛋白酶廣泛用于肉類嫩化，也可作為啤酒的澄清劑使用。用途一種重要的半胱氨酸蛋白酶，用于多肽合成。用于生產抗體的Fab片段；由于對某些組織很少損傷，所以也用于細胞裂解。裂解氨基酸（leucine,orglycine）。用途木瓜蛋白酶能夠將纖維蛋白酶原激活成為纖維蛋白溶酶。它只作用于壞死組織，溶解病灶內的纖維蛋白、血凝塊和壞死物質。清潔創面，助長新生肉芽，促進排液。