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 聚糖酶的純化技術與純度是決定其生產成本及市場競爭力的重要因素。在傳統工藝中，微生物產木聚糖酶大部分是通過色譜法得到純化。雖然色譜法具有較高的分辨率，但多步純化耗時、回收率低，不適合高純度木聚糖酶的產業化生產。目前，研究者在研究基于雙水相純化技術(AqueousTwo-Phase，ATPS)的衍生技術、三相分離體系(Three-phasChemicalbookepartitioning，TPP)和擴張床吸附技術(Expandedbedadsorption，EBD)。通過TPP純化Aspergillusniger木聚糖酶，活性回收率達60%，純化倍數達95倍。用擴張床吸附技術純化木聚糖酶，雖然只有21.8%的活性回收率和30倍純化，但該技術有經濟、省時、木聚糖酶發酵液不需沉淀澄清等優點。

木聚糖酶在造紙中的應用制漿和造紙工業中常常用氯來進行漂白，將對環境造成一定的破壞。而木材半纖維素主鏈中的兩種基本成分是木聚糖和葡Chemicalbook甘露聚糖，木聚糖酶能夠水解木聚糖，它能增強紙漿纖維的多孔性，有利化學藥品的滲透，從而提高木質素的提取率，用少量的氯來達到漂白效果。